转录调控测序

通过高通量测序获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的转录本序列信息,广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

转录组测序

也称RNA-Seq,能够获得某一物种特定组织或细胞在某一状态下转录的所有mRNA序列信息,分析基因表达水平、差异表达基因、可变剪切、基因融合、基因结构优化、SNP、SSR和预测新转录本等。

全长转录组测序

基于PacBio单分子实时测序技术,直接获得从5’末端到3’PolyA尾的高质量全长转录本序列,从而对同源异构体、可变剪接、融合基因、同源基因等进行精确分析。

全转录组测序

应用RNA-Seq技术,构建两种文库(small RNA文库和去rRNA的链特异性文库),对四种RNA(miRNA,lncRNA,mRNA,circRNA)的表达及调控关系进行分析。

文章案例

通过RNA-seq分析表明组蛋白巴豆酰化修饰对转录的调控具有重要的作用

RNA-seq分析揭示组蛋白巴豆酰化修饰对转录的调控的重要作用

发生于组蛋白赖氨酸上的翻译后修饰,如甲基化和乙酰化在转录调控、DNA损伤修复、DNA复制等生命过程中起着重要调控作用,组蛋白巴豆酰化的修饰因其广泛发生于组蛋白并与基因表达活化相关越来越受到研究者的重视。华东师范大学翁杰敏课题组的研究人员进行了一项研究,该研究通过筛选大量保留去组蛋白巴豆酰化的酶活,但是丧失了去组蛋白乙酰化的酶活突变体,然后在HeLa细胞中构建了HDAC1及HDAC1-VRPP的可诱导型稳系,通过RNA-seq分析表明去组蛋白巴豆酰化修饰之后可以明显的抑制细胞的整体转录水平,系统的证明了Ⅰ型组蛋白去乙酰化酶(HDAC)是细胞中关键的组蛋白去巴豆酰化酶,并且首次表明巴豆酰化等非乙酰化修饰在转录调控中可能具有广泛地与乙酰化不等同的重要作用。

参考文献: W wei et al., Class I histone deacetylases are major histone decrotonylases: evidence for critical and broad function of histone crotonylation in transcription. Cell Research, 2018.